3 năm sau cuộc chiến giữa những Kaiju. Lần này, SH-Monster đã thành công trong việc hồi sinh 3 Kaiju mới. Shin Godzilla sẽ đảm nhận nhiệm vụ tiêu diệt Kaiju được hồi sinh lần này.

Cùng với 4 người có siêu năng lực. Kasumi, Isami, Haku và Aito, 4 người hợp lực với Shin Godzilla để chiến đấu với Kaiju mới....